移液器應根據使用頻率進行定期維護，但至少每隔3個月維護一次，檢查移液器是否有灰塵和污物，尤其注意其嘴錐部位。長期維護時需要清潔移液器內部，必須由經培訓合格的人員拆卸  。
1.移液器的清潔
內部的清潔需要先拆卸移液器下半部分，拆卸下來的部件用肥皂水、洗潔精或60%異丙醇來擦洗，再用雙蒸水沖洗，晾干，再在活塞表面用棉簽涂上一層薄薄的起潤滑作用的硅樹脂；密封圈一般無需清洗。
2.移液器的消毒
可采用常規高溫高壓滅菌處理或紫外線照射滅菌進行消毒。
3.移液器上污染核酸的去除
將移液器下半部分拆卸下來的內、外套筒，在95℃清洗液中浸泡30分鐘，再用雙蒸水將套筒沖洗干凈，60℃下烘干或完全晾干，后在活塞表面涂上潤滑劑(硅樹脂)并將部件組裝。