微生物由于其特殊的生命特征，即便食品污染或攝入很少，其自身也可以通過繁殖來增強其威脅程度，因此很難通過定量標準來完全控制微生物的危害.另外，微生物及其毒性代謝產物又會污染環境，進而污染食品，不僅會導致不同地區的微生物或毒素的污染，還會引發新一輪傳播。
    生物指示劑是一類特殊的活微生物制品,可用于確認滅菌設備的性能,滅菌程序的驗證,生產過程滅菌效果的監控等。對特定滅菌處理有確定的抗力，并裝在內層包裝中可供使用的染菌載體。用于確認滅菌設備的性能,滅菌程序的驗證,生產過程滅菌效果的監控等。

    微生物導致的食源性疾病，從其發生來看具有潛在的不確定性;從其所致危害產生來看，具有擴展性和循環性;從其監測與控制來看，也存在較大復雜性和難度.微生物的變化性也使得對微生物標準的制定要隨著時間、技術的發展和對微生物及其毒素的認識深入，不斷調整，而不能一成不變。

    從檢測儀器的角度來看，包括培養儀、免疫檢測系統、核酸檢測系統、PCR儀、酶聯儀、生物傳感器等.從近年來食品中微生物的檢測技術來看，體現出以下幾個趨勢:先，現場快速檢測技術應運而生，而且成為迫切需求，其次，檢測能力從定性到定量的轉變，不僅需要檢測出有什么，還要檢測出有多少，再次，檢測儀器操作由復雜化到‘.傻瓜式”的趨向，操作的便捷化對檢測技術提出了高的要求，還有，微生物由肉眼判定到儀器判定的趨向，檢測儀器不僅要準確判定，還需要對定量結果進行儲存、調出、打印、傳輸，從而實現檢測的完整性。